Prvá písomná zmienka o obci je z roku 1391. Spomína sa ako Cheke, neskôr sa premenovala na Chekey (1446), Cekowce (1773), Czekowce (1786), až do dnešnej podoby Čekovce; maďarsky Csákóc.

Obec Čekovce leží východne od mesta Krupina, v nadmorskej výške 397 m, v údolí, ktorým preteká Čekovský potok vlievajúci sa do riečky Krupinica.